中國科學(xué)院西雙版納熱帶植物園生態(tài)進(jìn)化研究組郎天戈副研究員與植物生理生態(tài)研究組與北京林業(yè)大學(xué)合作，利用蛋白域的基因序列揭示了LRR基因結(jié)構(gòu)域在榕樹蒸騰過程中的調(diào)控功能。

　　該研究以版納植物園的榕樹基因組數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，用生物信息學(xué)的方法建立了LRR蛋白域預(yù)測的軟件流程，并找到了該蛋白域數(shù)量多少與榕樹吸水能力的相關(guān)關(guān)系。預(yù)測蛋白結(jié)構(gòu)域在用于理解分子水平上的蛋白質(zhì)功能在是必不可少的。然而，到目前為止，對于一個沒有參考基因組序列的物種來說，一直沒有一個直截了當(dāng)?shù)姆椒āＴ谶@項(xiàng)研究中，作者開發(fā)了一套可以在沒有參考基因組情況下直接從基因組序列數(shù)據(jù)預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域功能的程序流程。整個相關(guān)流程包括全基因組序列數(shù)技術(shù)，二代測序（NGS）的裝配技術(shù)，肽預(yù)測方法，以及蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測方法。作者發(fā)現(xiàn)，在榕樹中，植物蒸騰效率與LRRNT_2和LRR_8蛋白域是相關(guān)的，這個結(jié)果可以通過氣孔指數(shù)顯示出來。該項(xiàng)研究建立的程序流程提供了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的預(yù)測，這在大批量數(shù)據(jù)時代將有著廣泛的應(yīng)用。

　　相關(guān)研究成果以Protein Domain Analysis of Genomic Sequence Data Reveals Regulation of LRR Related Domains in Plant Transpiration in Ficus 為題發(fā)表在PLoS ONE 雜志上。