1月18日，Nucleic Acids Research在線發(fā)表了中科院上海生命科學(xué)研究院營(yíng)養(yǎng)科學(xué)研究所研究員馮英組的最新研究進(jìn)展：Transcriptome analysis of alternative splicing events regulated by SRSF10 reveals position-dependent splicing modulation，該研究基于高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）技術(shù)結(jié)合生物信息分析，首次揭示了選擇性剪接蛋白SRSF10在細(xì)胞內(nèi)調(diào)節(jié)的靶底物以及其調(diào)控mRNA選擇性剪接的機(jī)制。

　　近年來，隨著二代測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展，測(cè)序已成為研究基因組和轉(zhuǎn)錄組的重要手段之一。高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)（RNA-seq）可用于檢測(cè)基因表達(dá)差異、融合基因、未知或稀有轉(zhuǎn)錄本、以及mRNA選擇性剪接等研究領(lǐng)域。

　　SRSF10是經(jīng)典的SR蛋白家族成員之一，已有研究表明，SRSF10在體外是一個(gè)序列特異性的剪接激活蛋白，但是其在體內(nèi)的剪接調(diào)控靶點(diǎn)及作用機(jī)制，目前仍然不清楚。

　　在馮英指導(dǎo)下，博士生周雪霞和博士后吳文武等利用RNA-seq技術(shù)，并結(jié)合自主研發(fā)的選擇性剪接java軟件（軟件名稱：Alternative Splicing Detector：ASD, 網(wǎng)址：http://www.novelbio.com/asd/ASD.html),在雞細(xì)胞系DT40中，尋找受SRSF10調(diào)節(jié)的體內(nèi)剪接底物。研究發(fā)現(xiàn)， SRSF10同時(shí)具有增強(qiáng)外顯子接入和抑制外顯子接入的雙重功能；Motif分析發(fā)現(xiàn)，外顯子的接入與否與SRSF10的結(jié)合位點(diǎn)在調(diào)控外顯子上的分布有關(guān)。進(jìn)一步研究表明：SRSF10所調(diào)控的剪接事件多為應(yīng)激或凋亡相關(guān)的基因。SRSF10敲除的DT40細(xì)胞對(duì)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激誘導(dǎo)的凋亡更為敏感，提示其可能通過調(diào)節(jié)應(yīng)激相關(guān)基因的選擇性剪接，控制著內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激下的細(xì)胞存活能力。

　　該研究加深了人們對(duì)于SRSF10在體內(nèi)調(diào)節(jié)的剪接網(wǎng)絡(luò)和機(jī)制的理解，為深入研究SRSF10在細(xì)胞存活能力中的作用和機(jī)制提供了新線索。

　　該研究獲得了國(guó)家科技部、基金委、中科院百人計(jì)劃和中國(guó)博士后基金等項(xiàng)目的資助。